אוטונומיה במערכת החינוך נועדה לשפר את התוצאות האקדמיות באמצעות גמישות ניהולית (Caldwell and Spinks, 2013; Cheng, 1996; Volansky and Friedman, 2003). מחקרים מראים שהיא משפרת את היעילות התקציבית של מערכות חינוך (Barrera et al. 2009; Bloom et al. 2014). יחד עם זאת, שלושה עשורים של עשייה לקידום האוטונומיה מלמדים שההשפעה שלה על התוצאות החינוכיות־אקדמיות מוגבלת (Jensen et al. 2013). אחת הבעיות בבחינת ההשפעה של האוטונומיה היא שהמחקר נוטה למדוד את ההצלחה בעיקר במונחי הישגים, אף שלרוב המטרות הן מורכבות יותר (Hong Kong institute of education). שני משתנים קריטיים להצלחה של ניהול אוטונומי הם מנהיגות איכותית של צוות בית הספר ומסגרת ברורה של אחריותיות (OECD, 2013). ואולם, אף שאחריותיות הכרחית להצלחת האוטונומיה – אוטונומיה ללא שקיפות והערכה עצמית אף תעשה נזק להישגים (OECD 2011). החסמים המרכזיים לביסוס אוטונומיה הם תרבות שלטונית מרכוזית והיעדר אמון בין המטה לשטח (Nir 2014; Mayer & LeChasseur 2014). הטיעון המרכזי של מתנגדי האוטונומיה: נטייתה להרחיב ואף להנציח פערים חברתיים (Volansky & Friedman 2003; Schleicher 2014).  

 

אוטונומיה איננה מושג בינארי: היא יכולה להתממש ברמות שונות של אחריות המועברת לשטח ובתחומי עשייה שונים (OECD 2011). לכן, השאלה שצריך לשאול אינה בהכרח "האם לקדם אוטונומיה?" אלא "באיזה אופן האוטונומיה שתתאפשר תייצר אפקטיביות אל מול המטרות המוצהרות של המערכת?

​

המכנה המשותף למהלכי אוטונומיה בעולם הוא גישה אינטגרטיבית: "המרכז מגדיר את המה ובית הספר את האיך". השלטון המרכזי, בעל הסמכות, מתערב בעיקר בהגדרת הקוריקולום והמטרות החינוכיות; הגדרת קריטריונים תקציביים למניעת יצירת פערים; הגדרת סטנדרטים והערכת הישגים (Volansky & Friedman, 2003).